albobin писал(а):
Владимир Паронджанов писал(а):
Язык ДРАКОН является именно той нотацией, о которой мечтает уважаемый Luca Cardelli.
IMHO навряд ли. Для этой области DSL изобретаются, со специфической нотацией.
Уважаемый albobin!
Я всегда с глубоким интересом читаю Ваши сообщения, которые неизменно отличаются глубиной и меткостью суждений.
Вот мой ответ:
1. Разумеется, нельзя точно знать, о чем мечтает Luca Cardelli.
2. Мое высказывание не претендует на абсолютную точность.
3. Оно вовсе не означает, что я против использования DSL (domain-specific languages) в этой области. Наоборот, я за использование DSL. Пусть специалисты изобретают DSL, и да поможет им Бог!
4. С учетом этих оговорок, я хочу подтвердить мою фразу:
"Язык ДРАКОН является именно той нотацией, о которой мечтает уважаемый Luca Cardelli".5. Я хочу не просто повторить эту фразу, но и (что самое главное) обосновать ее.
И разъяснить, в каком смысле ее следует понимать.
6. Процитирую еще один отрывок из статьи Луки Карделли "Абстрактные машины системной биологии".
http://lucacardelli.name/Papers/Abstract%20Machines%20of%20Systems%20Biology%20(Draft).pdfОбратите внимание на мои выделения, сделанные красным и синим цветом.
Цитата:
6.2 NotationsThe informal notation used to
describe executions of the Membrane Machine
does not really have a name, but can be seen in countless illustrations (e.g., Figure 11, [32] p.730).
All the stages of a whole process are summarized in a single snapshot, with arrows denoting operations (Endo/Exo etc.) that cause transitions between states.
This kind of
depiction is natural because often
all the stages of a process are observed at once, in photographs, and much of the investigation has to do with determining their proper sequence and underlying mechanisms.
These pictures are usually drawn in two colors, which is a hint of the semantic invariant we call bitonality.
Figure 11 Transport Networks Notation
LDL particle (left) is recognized, ingested, and transported to a lysosome vesicle (right). [32], p.730.
Some membrane-driven processes are semi-regular, and tend to return to something resembling a previous configuration, but they are also stochastic, so no static picture or finitestate-automata notation can tell the real story.
Complex membrane dynamics can be found in the protein secretion pathway, through the Golgi system, and in many developmental processes.
Here too
there is a need for a precise dynamic notation that goes beyond static pictures; currently, there are only a few such notations [42][48][12].
6.3 Example: LDL Cholesterol DegradationThe membrane machine runs real algorithms: Figure 11 depicts LDL-cholesterol degradation.
The “problem” this algorithm solves is to transport a large object (an LDL particle) to an interior compartment where it can be degraded; the particle is too big to just cross the membrane.
The “solution”, by a precise sequence of discrete steps and iterations, utilizes proteins embedded in the external cellular membrane and in the cytosol to recognize, bind, incorporate, and transport the particle inside vesicles to the desired compartment, all along recycling the active proteins.
Красным я выделил рассуждения о нотации. Синим — об алгоритмах.
Отсюда я делаю следующие
ВЫВОДЫ1. В данной статье Luca Cardelli нет ни слова о DSL.
2. Luca Cardelli озабочен проблемой отображения биологических алгоритмов.
3. За неимением лучшего он использует "картинку" и называет ее неформальной нотацией (informal notation) . Он поступает правильно, потому что предлагаемая им картинка (Figure 11) вполне наглядна. Она, разумеется, лучше, чем ничего. (На безрыбье и рак рыба).
4. Но. Проблема (удобного и понятного) отображения биологических и медицинских алгоритмов по-прежнему остается открытой и очень острой. Лука Карделли (при всем уважении к нему) в этом отношении не продвинулся вперед.
5. Язык ДРАКОН успешно решает данную проблему.
6. Трудность в том, что на английском языке нет книги по языку ДРАКОН.
7. Проблема перевода моей книги на английский решается, но медленно.
8. Из Литвы мне уже прислали полный перевод книги на английский, включая перевод всех рисунков (270 штук). Вся книга в одном файле в формате pdf. Проблема в том, что перевод слабый. Вот уже полгода я занимаюсь проверкой перевода и его исправлением. Тут еще править и править! Пахать и пахать! На эту жуткую правку у меня уйдет не меньше, чем полгода (а может и год). Стало быть, книга на английском появится через год-полтора.
9. Есть, правда, еще один канал влияния на американских медиков. Альгирдас Каралюс (активный сторонник ДРАКОНа) сообщил мне, что переселяется из Литвы в Америку. Это инициативный человек, способный быстро решать сложные проблемы и имеющий нужные связи в США. Я уверен, что дела у него пойдут быстро.
Что такое предметно-ориентированный язык программирования?
Цитата:
Предметно-ориентированный язык программирования (англ. domain-specific programming language, domain-specific language, DSL) — язык программирования, специально разработанный для решения определённого круга задач, в отличие от языков программирования общего назначения, таких, как Си, или языков моделирования общего назначения наподобие UML и др