13 мая 1946 года Постановлением Правительства СССР были образованы предприятия для создания ракетно-космической отрасли, в том числе НИИ 885, основной задачей которого стала разработка автономных систем управления (СУ) для баллистических ракет. Главным конструктором автономных систем управления был назначен Николай Алексеевич Пилюгин.

В 1963 году на юго-западе Москвы образован специализированный научно-исследовательский институт автоматики и приборостроения - НИИ АП, где под руководством Н.А. Пилюгина создаются инерциальные СУ для боевых ракетных комплексов, ракет-носителей и космических аппаратов.

Выдающимся достижением НИИ АП, стала СУ для орбитального корабля «Буран» многоразовой космической системы «Энергия-Буран». В 80-90-е годы были созданы СУ для ракетных комплексов «Зенит-2», «Зенит-3», «Морской старт», «Протон-М», разгонных блоков «Фрегат»,«ДМ», ракетного комплекса «Тополь-М». Один из недавних проектов - ракетный комплекс «Наземный старт».

В 1992 году на базе НИИ АП и опытного завода создано НПО АП.

В 1997 году в память о крупном ученом и талантливом руководителе Николае Алексеевиче Пилюгине предприятие, которое он основал и которым бессменно руководил 36 лет, преобразовано в Научно-производственный Центр его имени.

С 2001 года предприятие носит название ФГУП «Научно-производственный центр автоматики и приборостроения имени академика Н.А. Пилюгина» (ФГУП «НПЦАП»)